Puskesmas Wates memiliki fungsi penyelenggaraan Pelayanan Kesehatan primer di wilayah kerja, yang  diselenggarakan secara terintegrasi dengan tujuan:

• Pemenuhan kebutuhan kesehatan dalam setiap fase kehidupan meliputi pemenuhan kebutuhan pada ibu, bayi dan anak, remaja, dewasa, dan lanjut usia.;
• Perbaikan determinan kesehatan atau faktor yang mempengaruhi kesehatan yang terdiri atas determinan sosial, ekonomi, komersial, dan lingkungan melibatkan pihak terkait melalui
  penyusunan kebijakan dan tindakan lintas sektor untuk mengurangi risiko dari faktor yang berpengaruh terhadap kesehatan dilakukan dengan dukungan dan komitmen Pemerintah Pusat, Pemerintah Daerah, dan masyarakat; dan
• Penguatan kesehatan perseorangan, keluarga, dan masyarakat dilaksanakan untuk mengoptimalkan status kesehatan dengan membangun kemandirian hidup sehat serta menguatkan peran sebagai mitra pembangunan kesehatan dan pemberi asuhan untuk diri sendiri dan untuk orang lain. Penguatan kesehatan perseorangan, keluarga, dan masyarakat dilakukan untuk memberikan layanan yang berpusat pada perseorangan, berfokus pada keluarga, dan berorientasi pada masyarakat yang sesuai dengan latar belakang sosial budaya.