Misi Puskesmas Kayen Kidul adalah:

1.     Meningkatkan sumber daya manusia yang berkarakter unggul, berdaya saing, serta bernasionalis-religius.

2.     Meningkatkan sarana dan prasarana Puskesmas Kayen Kidul.

3.     Melayani masyarakat secara profesional dan terpadu untuk mendorong masyarakat hidup sehat, maju, dan sejahtera.

4.     Meningkatkan kerjasama lintas program dan lintas sektor.

Tujuan Puskesmas Kayen Kidul " Meningkatkan kualitas Sumber Daya Manusia yang unggul dan berdaya saing serta nasionalis – religius "